消毒可分为手工消毒和自动消毒两种方法。手工消毒方法使用DEBUG、PCTOOLS等简单工具，借助于对某种病毒的具体认识，从感染病毒的文件中，摘除病毒代码，使之康复。手工操作复杂、速度慢，风险大，需要熟练的技能和丰富的知识。自动消毒方法使用自动消毒软件自动清除患病文件中的病毒代码，使之康复。自动消毒方法，操作简单，效率高，风险小。当遇到被病毒感染的文件急需恢复而又找不到解毒软件或解毒软件无效时，才要用到手工修复的方法。从与病毒对抗的全局看，人们总是从手工消毒开始，获取消毒成功后，再研制相应的软件产品，使计算机自动地完成全部消毒操作。

　　手工修复很麻烦，而且容易出错，还要求对DEBUG的各个命令很熟悉。用清毒软件进行自动杀毒则比较省事， 一般按照菜单提示和联机帮助就可以工作了。程序自动清除的方法基本上是将手工操作加以编码，原理是一样的。但程序清毒时要附加许多功能：如用户界面，错误和例外情况检测和处理，磁盘目录搜索，联机帮助，内存中病毒的检测与清除，报告生成，对网络驱动器的支持，清病毒软件自身完整性（防病毒和防篡改）的保护措施以及对多种病毒的检测和清除能力等。

　　如果自动方法和手工方法仍不奏效，消毒的最后一招就是对软盘或硬盘进行低级格式化。就算再厉害的病毒也跑不掉，但也要以软盘或硬盘上所有文件的丢失作为代价。初学者使用这种方法一定要三思而后行。